La presencia de cursos de agua permanente permite la aparición de hábitats singulares debido a las condiciones ecológicas que se generan. Factores como la pendiente del terreno, velocidad del agua, naturaleza química, tamaño del sustrato (grava, arena, limo), temperatura, oxígeno disuelto, etc., condicionan la composición de especies de flora y fauna de estos ambientes.
- Alisedas, saucedas y fresnedas sobre suelos silíceos
En contacto casi directo con el agua se desarrolla una sauceda-aliseda, donde la especie dominante es el sauce atrocinéreo (Salix atrocinerea), acompañado de otras especies de sauces como Salix alba and Salix pedicellata. En zonas con un suelo mas profundo y caudal permanente es frecuente que aparezcan alisos (Alnus glutinosa) que pueden ser muy abundantes y dar a la formación aspecto de aliseda. Más rara es la aparición del sauce cabruno (Salix caprea) o del purpúreo (Salix purpurea subsp. lambertiana).
A continuación, en una banda más externa (si existen terrazas fluviales) aparece la fresneda, bosque en el que se desarrollan: el fresno (Fraxinus angustifolia), el álamo negro (Populus nigra), el arce (Acer opalus subsp. granatense) o el cerezo silvestre (Prunus avium).
Como orla de estas comunidades (tanto de la sauceda como de la fresneda) se desarrolla un zarzal-espinal con especies como: la zarzamora (Rubus ulmifolius), el escaramujo (Rosa corymbifera, R. canina), el endrino (Prunus ramburii), el majuelo (Crataegus monogyna subsp. brevispina), el emborrachacabras (Coriaria myrtifolia), Bupleurum fruticosum, la hiedra (Hedera helix), etc.
En este dominio de vegetación se desarrollan además numerosas comunidades como juncales, espadañales, herbazales, herbazales nitrófilos, etc.
Son destacables también dentro de este dominio las formaciones de castañares asociadas a los principales cursos de agua y los rezumes de acequias y albercas. Estos bosques de castaño (Castanea sativa) forman parte del paisaje de Sierra Nevada y constituyen formaciones de particular interés para la fauna nevadense y como fuente de riqueza a la economía de la zona.
- Olmedas, choperas y saucedas sobre suelos básicos
En los lechos de los ríos de la porción carbonatada de Sierra Nevada se asientan saucedas que constituyen la orla natural de las alamedas hacia el interior del río. También se presentan en los cauces y márgenes de arroyos y torrentes, constituyendo la única vegetación fruticosa que tapiza estos cursos de agua, de caudal irregular y generalmente sometidos a fuerte estiaje; entre las especies de sauces destacamos: Salix eleagnos subsp. angustifolia, S. purpurea subsp. lambertiana, S. atrocinerea, S. triandra subsp. discolor and S. alba.
Sobre suelos que se llegan a desecar y se inundan periódicamnete por el río, se localizan las choperas o alamedas, sólo aparecen en pequeños enclaves, dado el encajamiento de los ríos y arroyos de Sierra Nevada, y porque las pequeñas vegas existentes son utilizadas para la implantación de cultivos hortícolas.
Estas alamedas suelen ser muy ricas en sacuces blancos (Salix alba), tanto es así que en ocasiones llega a sustituir como estrato arbóreo a los álamos blancos (Populus alba). Aparecen también de forma frecuente Rubus ulmifolius, Arum italicum, Rubia tinctorium, Bryonia dioica, etc.
En las orlas subarbustivas dominan las especies espinoso-caducifolias entre las que destacamos zarzas (Rubus ulmifolius), majuelo (Crataegus monogyna subsp. brevispina), escaramujos (Rosa canina, Rosa corymbifera), junto con nueza negra (Tamus communis), hiedra (Hedera helix), gayomba (Spartium juceum), jazmín de monte (Clematis vitalba).
- Cañaverales, juncales, herbazales, herbazales nitrófilos, tienen gran representación en las Lagunas del Padul.
Dentro de la fauna, tal vez los grupos más característicos sean los invertebrados acuáticos estrictos, muy abundantes en el número de especies y todos ellos con un papel de vital importancia para el ecosistema. Basten como muestra los géneros de distintos órdenes de insectos como efímeras (Ephemerella, Baetis), moscas de las piedras (Perla o Leuctra), frigáneas (Hydropsyche), escarabajos acuáticos (Gyrinus, Hydroporus, Deronectes), chinches acuáticas (Gerris, Hydrometra, Plea), entre otras muchas especies.
Alimentándose de estos invertebrados aparecen vertebrados como la trucha común (Salmo trutta), el mirlo acuático (Cinclus cinclus), la lavandera blanca (Motacilla alba), el musgaño o musaraña acuática (Neomys fodiens), la rana común (Rana perezi), el sapillo pintojo meridional (Discoglossus jeanneae), así como las especies predadoras de las anteriores, en particular la culebra de agua (Natrix natrix) y la culebra viperina (Natrix maura).
Por otra parte, puede distinguirse fauna asociada a la vegetación de ribera que bordea el cauce. Entre las especies de vertebrados más características de estos hábitats se encuentran la rata de agua (Arvicola sapidus), la oropéndola (Oriolus oriolus), mirlo común (Turdus merula), curruca cabecinegra (Sylvia melanocephala), chochín (Troglodytes troglodytes), agateador común (Certhia brachydactyla), ratón de campo (Apodemus sylvaticus), rata gris (Rattus norvergicus), murciélago ribereño (Myotis daubentonil), etc.
En cuanto a la fauna de invertebrados, destacan algunas especies muy llamativas como los escarabajos Aromia moschata and Eurythyrea micans, pero son muchas las especies presentes en varios grupos zoológicos (caracoles, lombrices, planarias, arácnidos, ácaros, insectos, etc.).
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